Η ιστορία του αεροδρομίου της Ζακύνθου ξεκινάει το 1972. Τότε κτίσθηκε ένα μικρό κτίριο επιβατικού σταθμού 4 χιλ. από το κέντρο της πόλης και λειτούργησε αρχικά με πτήσεις εσωτερικού. Τον Ιούνιο του 1981 τελείωσε η κατασκευή του νέου επιβατικού σταθμού. Το εμβαδόν των κτιριακών εγκαταστάσεων του Αερολιμένα είναι 2000τμ.
Έχουν αρχίσει εργασίες για επέκταση δαπέδου στάθμευσης αεροσκαφών καθώς και η κατασκευή νέου κτιρίου αεροσταθμού και διαμόρφωσης περιβάλλοντος χώρου.
Το νέο κτίριο θα αναπτύσσεται σε τρία επίπεδα, συνολικού εμβαδού 13,900τμ κλειστών χώρων και 8250 τμ. ανοιχτών στεγασμένων χώρων. Επίσης η διαμόρφωση του περιβάλλοντα χώρου θα είναι συνολικής έκτασης 65000 τμ περίπου.